הסיפור מתרחש בעתיד הנאו-פוריסטי הלא כל כך רחוק, במקום שבו טוקיו נהפכה ל"ג'ונגל" המרכזי של העולם, הסופגת את דו תחצומת הפחמן. עיר הנקראת אטלס (Atlas) מאכסנת בתוכה את כל העשירים ובעלי הפריווילגיות, ומקום שאליו כמהים להגיע כל מי שלא רשאי להכנס אליו. אבל לאטלס יש סוד עתיק הגורם למספר התרחשויות. יחד עם שלל דמויות צבעוניות, שונות ומשונות, ילדה מופרעת במיוחד, ילד גאון, נסיכה ילדותית, מלכה, רופאה, צבא ואנשים זקנים וצעירים- עלילתה של שאנגרי-לה מתפתחת. שאנגרי-לה הוא סיפורם של תאוות הבצע כנגד האומץ ותקוותם של בני האדם. על רקע יפן העתידית, עומדת לה מצד אחד טוקיו- ג'ונגל פראי, מצד שני אטלס- עיר המותרות, ובניהם… ילדה אחת, קוניקו הוג'ו (Kuniko Hojo) וחבורתה המנסים למצוא דרך לעתיד טוב יותר.