עלילת הסדרה מתמקדת במורט פפרמן, פרופסור בגמלאות ששמר בסוד את זהותו המינית כטרנסג'נדר עוד מימי ילדותו, ומחליט סוף כל סוף לחיות בגלוי כאישה, מאורה. כאשר מורט מציג לשלושת ילדיו הבוגרים את מאורה, הסודות של כולם יוצאים לאור בזה אחר זה. האחות הגדולה שרה מתמודדת עם נישואים כושלים, שעומדים למבחן עם הופעתה מחדש של בת-זוגה לשעבר; ג'וש מתעמת עם ההשלכות של המערכות הזוגיות הרבות שחווה; ובת הזקונים אלי מתקשה למצוא את עצמה בעוד היא חיה על דמי האבטלה של המשפחה. אל כל אלה מתווספת שלי, אמם הדומיננטית שמטפלת בבעלה השני והחולה. כעת, המשפחה היהודית מלוס אנג'לס, שלה מעט מאוד גבולות כשזה מגיע לחיים פרטיים, נאלצת להתמודד עם הסודות הגדולים ביותר שלה, יחד. "טרנספרנט" היא סיפור אנושי, עמוק, הומוריסטי ונוגע ללב על משפחה, זהות, מיניות ואהבה.